The present invention provides methods for evaluation of potential tumor neoepitopes to assess the probability that they constitute immunogenic neoantigens in a cancer affected subject. The present invention provides vaccines comprising immunogenic neoepitopes for treatment of cancer in subjects in need thereof, optionally with the coadministration of cathepsin inhibitor.
The present invention relates to methods for treating, by administration of a cathepsin inhibitor, a subject who is affected by a tumor comprising a specific tumor mutation in a peptide that is cleaved with high frequency by a cathepsin and in which such cleavage prevents the presentation of a neoantigen thereby enabling immune evasion and tumor progression.
G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
C12Q 1/6827 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p. ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p. ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux
3.
BIOINFORMATIC PROCESSES FOR DETERMINATION OF PEPTIDE BINDING
This invention relates to the identification of peptide binding to ligands, and in particular to identification of epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. The present invention provides polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products that utilize or are developed using the epitopes.
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
The present invention relates to the identification and use of tumor epitopes from subjects with brain cancer, and particularly to epitopes from brevican, neurocan, versican, and aggrecan and their use in formulating cancer vaccines for treatment of tumor patients. In some preferred embodiments the methods provide a means of identifying T cell epitopes in proteins upregulated in brain tumors and the selection of those peptides which can stimulate T cell responses in individual subjects with a particular combination of HLA alleles. It further identifies the T cell exposed motifs comprised in T cell epitopes and enables the design of peptides with alternative amino acids in positions other than the T cell exposed motifs. In preferred embodiments, the MHC I and MHC II alleles of the affected subject are determined, and peptides are selected which bind to their MHC molecules with a desired affinity to elicit stimulation.
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
A61K 40/11 - Lymphocytes T, p. ex. lymphocytes infiltrant les tumeurs [TIL] ou lymphocytes T régulateurs [Treg]Cellules tueuses activées par les lymphokines [LAK]
C12N 5/0783 - Cellules TCellules NKProgéniteurs de cellules T ou NK
C12Q 1/6881 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour le typage de tissu ou de cellule, p. ex. sondes d’antigène leucocytaire humain [HLA]
G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
The present invention provides methods and systems for identifying and classifying patterns comprising the T cell exposed motifs and the frequencies of such motifs in collections of proteins that make up the human proteome, immunoglobulinome, T cell receptor repertoire or microbiome, and other proteomes of environmental of microbial origin, or subsets thereof. It further provides graphical representations that facilitate comparisons of T cell exposed motif patterns between samples or between time points. The present invention also provides methods and systems for identifying and classifying patterns in repertoires of cells including receptor bearing cells and cells of tissue samples and detecting patterns of utility in diagnosis and monitoring of health and disease.
G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
The present invention relates to methods for treating, by administration of a cathepsin inhibitor, a subject who is affected by a tumor comprising a specific tumor mutation in a peptide that is cleaved with high frequency by a cathepsin and in which such cleavage prevents the presentation of a neoantigen thereby enabling immune evasion and tumor progression.
C12Q 1/6827 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme
A61K 39/395 - AnticorpsImmunoglobulinesImmunsérum, p. ex. sérum antilymphocitaire
C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
The present invention provides methods for evaluation of potential tumor neoepitopes to assess the probability that they constitute immunogenic neoantigens in a cancer affected subject. The present invention provides vaccines comprising immunogenic neoepitopes for treatment of cancer in subjects in need thereof, optionally with the coadministration of cathepsin inhibitor.
G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
This invention provides a method for maximizing the immune response to mutated tumor specific proteins, either by means of stimulation of dendritic cells or T cells in vitro followed by administration of these cells to a patient, or by means of administration of a neoantigen vaccine in which de novo peptides, or their encoding nucleic acids, have been designed to ensure an appropriate level of binding affinity to a particular cancer patient's MHC alleles. This invention further provides for modulating the immune response in an immunopathology
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
A61K 38/03 - Peptides ayant jusqu'à 20 amino-acides dans une séquence indéterminée ou partiellement déterminéeLeurs dérivés
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
The present invention provides methods for treating cancer by T cell therapy comprising the steps of obtaining a biopsy from a subject affected by cancer, identifying mutated amino acids in the tumor and the T cell exposed amino acid motifs which contain the mutated amino acids, identifying a donor with matching alleles, generating an array of alternate peptides in which the T cell exposed motifs are maintained constant, but the other amino acids are substituted, selecting one or more peptides from the array of alternative peptides, each having a desired binding affinity to the MHC allele while maintaining the tumor specific T cell exposed motif, contacting antigen presenting cells with the selected alternative peptides so that the peptide is presented by the MHC of the antigen presenting cells, contacting the antigen presenting cells carrying the selected peptide with T cells harvested from the donor, and infusing the subject with stimulated T cells responding to the peptide of interest presented by the dendritic cell MHC.
The present invention relates to methods for stimulating the immune response to a tumor by implementing a two-phase vaccination strategy in which a first vaccination comprises epitopes from tumor associated antigens or epitopes which embody amino acid mutations commonly associated with the cancer that is administered before tissue diagnosis, and a second vaccination which comprises personal neoepitopes, the design of which is unique to that subject and is identified based on comparative sequencing of normal tissue and tumor tissue obtained by biopsy.
G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
The present invention is related to T cell epitopes and methods of their use, in particular bystander proteins, and identification of peptides which may be used to stimulate a CD8+ cytotoxic T cell response, as well as peptides which stimulate a CD4+ helper T cell response to the cells carrying the proteins.
A61K 38/17 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'animauxPeptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'humains
C12Q 1/6872 - Méthodes de séquençage faisant intervenir la spectrométrie de masse
C07K 14/00 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés
This invention pertains to the identification of antibody mediated epitope mimics and applications of the identification of said mimic peptides in the design of biotherapeutics and vaccines.
The present invention relates to the identification and use of tumor epitopes from subjects with brain cancer, and particularly to epitopes from brevican, neurocan, versican, and aggrecan and their use in formulating cancer vaccines for treatment of tumor patients. In some preferred embodiments the methods provide a means of identifying T cell epitopes in proteins upregulated in brain tumors and the selection of those peptides which can stimulate T cell responses in individual subjects with a particular combination of HLA alleles. It further identifies the T cell exposed motifs comprised in T cell epitopes and enables the design of peptides with alternative amino acids in positions other than the T cell exposed motifs. In preferred embodiments, the MHC I and MHC II alleles of the affected subject are determined, and peptides are selected which bind to their MHC molecules with a desired affinity to elicit stimulation.
A61K 38/17 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'animauxPeptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'humains
A61K 39/385 - Haptènes ou antigènes, liés à des supports
G01N 33/50 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique
G01N 33/53 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet
14.
BIOINFORMATIC PROCESSES FOR DETERMINATION OF PEPTIDE BINDING
This invention relates to the identification of peptide binding to ligands, and in particular to identification of epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. The present invention provides polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products that utilize or are developed using the epitopes.
A61K 39/04 - Mycobacterium, p. ex. Mycobacterium tuberculosis
A61K 39/21 - Retroviridae, p. ex. virus de l'anémie infectieuse équine
A61K 39/285 - Virus de la vaccine ou virus de la variole
G16B 15/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de structures moléculaires bidimensionnelles ou tridimensionnelles, p. ex. relations structurelles ou fonctionnelles ou alignement de structures
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 15/30 - Ciblage de médicament à l’aide de données structurellesPrévision d’amarrage ou de liaison moléculaire
The present invention provides methods for treating cancer by T cell therapy comprising the steps of obtaining a biopsy from a subject affected by cancer, identifying mutated amino acids in the tumor and the T cell exposed amino acid motifs which contain the mutated amino acids, identifying a donor with matching alleles, generating an array of alternate peptides in which the T cell exposed motifs are maintained constant, but the other amino acids are substituted, selecting one or more peptides from the array of alternative peptides, each having a desired binding affinity to the MHC allele while maintaining the tumor specific T cell exposed motif, contacting antigen presenting cells with the selected alternative peptides so that the peptide is presented by the MHC of the antigen presenting cells, contacting the antigen presenting cells carrying the selected peptide with T cells harvested from the donor, and infusing the subject with stimulated T cells responding to the peptide of interest presented by the dendritic cell MHC.
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
G01N 33/50 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
The present invention is related to T cell epitopes and methods of their use, in particular bystander proteins, and identification of peptides which may be used to stimulate a CD8+ cytotoxic T cell response, as well as peptides which stimulate a CD4+ helper T cell response to the cells carrying the proteins.
A61K 38/17 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'animauxPeptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'humains
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
A61K 39/385 - Haptènes ou antigènes, liés à des supports
in vitro de novode novo peptides, or their encoding nucleic acids, have been designed to ensure an appropriate level of binding affinity to a particular cancer patient's MHC alleles. This invention further provides for modulating the immune response in an immunopathology
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
A61K 39/39 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps caractérisées par les additifs immunostimulants, p. ex. par les adjuvants chimiques
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
G01N 33/50 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique
The present invention relates to methods for stimulating the immune response to a tumor by implementing a two-phase vaccination strategy in which a first vaccination comprises epitopes from tumor associated antigens or epitopes which embody amino acid mutations commonly associated with the cancer that is administered before tissue diagnosis, and a second vaccination which comprises personal neoepitopes, the design of which is unique to that subject and is identified based on comparative sequencing of normal tissue and tumor tissue obtained by biopsy.
G01N 33/50 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique
G01N 33/53 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet
19.
Bioinformatic processes for determination of peptide binding
This invention relates to the identification of peptide binding to ligands, and in particular to identification of epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. The present invention provides polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products that utilize or are developed using the epitopes.
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
G16B 20/40 - Génétique de populationDéséquilibre de liaison
20.
MATHEMATICAL PROCESSES FOR DETERMINATION OF PEPTIDASE CLEAVAGE
This invention relates to the identification of peptidase cleavage sites in proteins and in particular to identification protease cleavage by the endopeptidases. The present invention utilizes a bioinformatic methodology for prediction of peptidase cleavage sites based on principal component analysis and based on training sets obtained by experimental protein cleavage. This invention is not limited to training sets derived from CSL approaches, nor to any other experimental determination of cleavage site.
G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G06N 3/04 - Architecture, p. ex. topologie d'interconnexion
The present invention provides methods and systems for identifying and classifying patterns comprising the T cell exposed motifs and the frequencies of such motifs in collections of proteins that make up the human proteome, immunoglobulinome, T cell receptor repertoire or microbiome, and other proteomes of environmental of microbial origin, or subsets thereof. It further provides graphical representations that facilitate comparisons of T cell exposed motif patterns between samples or between time points. The present invention also provides methods and systems for identifying and classifying patterns in repertoires of cells including receptor bearing cells and cells of tissue samples and detecting patterns of utility in diagnosis and monitoring of health and disease.
G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
The present invention provides a means to prepare a product from domestic animal milk, blood or eggs which comprises an array of T-cell exposed motifs similar in identity, distribution and concentration to those found in human immunoglobulin variable regions and to prepare and apply the product as an immune modulating agent for administration either as a nutritional supplement or as a pharmaceutical product.
The present invention provides methods and systems for identifying and classifying epitopes and use of that information to analyze proteins and peptides within proteins, especially potential epitopes, and to use the information to design synthetic peptides and proteins, analyze biopharmaceutical proteins, and diagnose autoimmune conditions. Peptides which are bound in MHC grooves comprise two sets of amino acids: those that face inwards into the groove and determine the binding affinity to the MHC molecule (the groove exposed motifs or GEM) and those which do not interact with the groove but rather are on the obverse side exposed outwardly to the T-cells (the T-cell exposed Motifs or TCEM). The present invention utilizes information related to the identity and physiochemical characteristics of the GEM and TCEM.
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
This invention provides a method for maximizing the immune response to mutated tumor specific proteins, either by means of stimulation of dendritic cells or T cells in vitro followed by administration of these cells to a patient, or by means of administration of a neoantigen vaccine in which de novo peptides, or their encoding nucleic acids, have been designed to ensure an appropriate level of binding affinity to a particular cancer patient's MHC alleles. This invention further provides for modulating the immune response in an immunopathology other than cancer.
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
A61K 40/11 - Lymphocytes T, p. ex. lymphocytes infiltrant les tumeurs [TIL] ou lymphocytes T régulateurs [Treg]Cellules tueuses activées par les lymphokines [LAK]
in vitro de novode novo peptides, or their encoding nucleic acids, have been designed to ensure an appropriate level of binding affinity to a particular cancer patient's MHC alleles. This invention further provides for modulating the immune response in an immunopathology other than cancer.
The present invention provides methods and systems for identifying and classifying patterns comprising the T cell exposed motifs and the frequencies of such motifs in collections of proteins that make up the human proteome, immunoglobulinome, T cell receptor repertoire or microbiome, and other proteomes of environmental of microbial origin, or subsets thereof. It further provides graphical representations that facilitate comparisons of T cell exposed motif patterns between samples or between time points. The present invention also provides methods and systems for identifying and classifying patterns in repertoires of cells including receptor bearing cells and cells of tissue samples and detecting patterns of utility in diagnosis and monitoring of health and disease.
G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G06F 19/20 - pour l'hybridation ou l'expression génique, p.ex. microréseaux, séquençage par hybridation, normalisation, profilage, modèles de correction de bruit, estimation du ratio d'expression, conception ou optimisation de sonde
27.
Modified Zika virus NS1 protein with reduced cross-reactive immunogenicity
The present invention relates to vaccine compositions and therapeutic interventions for treating and preventing infections and diseases caused by flaviviruses, including Zika, dengue, and Usutu virus. It also relates to compositions and methods for diagnosis and differential diagnosis of flaviviruses and co-endemic pathogens.
The present invention provides a means to prepare a product from domestic animal milk, blood or eggs which comprises an array of T-cell exposed motifs similar in identity, distribution and concentration to those found in human immunoglobulin variable regions and to prepare and apply the product as an immune modulating agent for administration either as a nutritional supplement or as a pharmaceutical product.
This invention pertains to the identification of antibody mediated epitope mimics and applications of the identification of said mimic peptides in the design of biotherapeutics and vaccines.
A61K 38/17 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'animauxPeptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant d'humains
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
The present invention relates to vaccine compositions and therapeutic interventions for treating and preventing infections and diseases caused by flaviviruses, including Zika, dengue, and Usutu virus. It also relates to compositions and methods for diagnosis and differential diagnosis of flaviviruses and co-endemic pathogens.
The present invention provides methods and systems for identifying and classifying epitopes and use of that information to analyze proteins and peptides within proteins, especially potential epitopes, and to use the information to design synthetic peptides and proteins, analyze biopharmaceutical proteins, and diagnose autoimmune conditions. Peptides which are bound in MHC grooves comprise two sets of amino acids: those that face inwards into the groove and determine the binding affinity to the MHC molecule (the groove exposed motifs or GEM) and those which do not interact with the groove but rather are on the obverse side exposed outwardly to the T-cells (the T-cell exposed Motifs or TCEM). The present invention utilizes information related to the identity and physiochemical characteristics of the GEM and TCEM.
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
32.
Bioinformatic processes for determination of peptide binding
This invention relates to the identification of peptide binding to ligands, and in particular to identification of epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. The present invention provides polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products that utilize or are developed using the epitopes.
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
This invention relates to the identification of peptidase cleavage sites in proteins and in particular to identification protease cleavage by the endopeptidases. The present invention utilizes a bioinformatic methodology for prediction of peptidase cleavage sites based on principal component analysis and based on training sets obtained by experimental protein cleavage. This invention is not limited to training sets derived from CSL approaches, nor to any other experimental determination of cleavage site.
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G06N 3/04 - Architecture, p. ex. topologie d'interconnexion
The present invention provides methods and systems for identifying and classifying epitopes and use of that information to analyze proteins and peptides within proteins, especially potential epitopes, and to use the information to design synthetic peptides and proteins, analyze biopharmaceutical proteins, and diagnose autoimmune conditions. Peptides which are bound in MHC grooves comprise two sets of amino acids: those that face inwards into the groove and determine the binding affinity to the MHC molecule (the groove exposed motifs or GEM) and those which do not interact with the groove but rather are on the obverse side exposed outwardly to the T-cells (the T-cell exposed Motifs or TCEM). The present invention utilizes information related to the identity and physiochemical characteristics of the GEM and TCEM.
G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
The present invention provides a means to prepare a product from domestic animal milk, blood or eggs which comprises an array of T-cell exposed motifs similar in identity, distribution and concentration to those found in human immunoglobulin variable regions and to prepare and apply the product as an immune modulating agent for administration either as a nutritional supplement or as a pharmaceutical product.
A61K 38/08 - Peptides ayant de 5 à 11 amino-acides
A61K 38/00 - Préparations médicinales contenant des peptides
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C40B 30/10 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant les caractéristiques physiques, p. ex. la masse
C40B 50/02 - Conception de bibliothèques par ordinateur (in silico) ou conception mathématique de bibliothèques
36.
MATHEMATICAL PROCESSES FOR DETERMINATION OF PEPTIDASE CLEAVAGE
The present invention provides a bioinformatic methodology for prediction of peptidase cleavage sites based on principal component analysis and based on training sets obtained by experimental protein cleavage. This invention is not limited to training sets derived from CSL approaches, nor to any other experimental determination of cleavage site. Undoubtedly there will be new approaches to developed for experimental measurement of cleavage sites and these too may be the source of training sources for the present invention.
C12Q 1/37 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase faisant intervenir une peptidase ou une protéinase
G01N 33/48 - Matériau biologique, p. ex. sang, urineHémocytomètres
C40B 50/02 - Conception de bibliothèques par ordinateur (in silico) ou conception mathématique de bibliothèques
37.
BIOINFORMATIC PROCESSES FOR DETERMINATION OF PEPTIDE BINDING
This invention relates to the identification of peptide binding to ligands, and in particular to identification of epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. The present invention provides polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products that utilize or are developed using the epitopes.
A61K 38/00 - Préparations médicinales contenant des peptides
A61K 38/04 - Peptides ayant jusqu'à 20 amino-acides dans une séquence entièrement déterminéeLeurs dérivés
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
G06F 7/60 - Méthodes ou dispositions pour effectuer des calculs en utilisant une représentation numérique non codée, c.-à-d. une représentation de nombres sans baseDispositifs de calcul utilisant une combinaison de représentations de nombres codées et non codées
G06E 1/00 - Dispositions pour traiter exclusivement des données numériques
G01N 33/53 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet
The present invention relates antimicrobial compositions, and in particular to antigen binding proteins comprising one or more domains that provide antimicrobial activity.
This invention relates to processes for identifying peptide and polypeptide ligands for a binding partner by using principal component analysis of amino acids to derive vectors describing amino acid subsets corresponding to peptides with known binding affinities and then using this information in a neural network modeling process to derive binding prediction equations. These binding prediction equations are then used in the analysis of subsets of amino acids from a target source to identify peptides or polypeptides ligands in the target source that have affinity for a binding partner.
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
40.
BIOINFORMATIC PROCESSES FOR DETERMINATION OF PEPTIDE BINDING
This invention relates to the identification of peptide binding to ligands, and in particular to identification of epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. The present invention provides polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products that utilize or are developed using the epitopes.
Methods of identification of peptide binding to ligands, such as epitopes expressed by microorganisms and by mammalian cells. A method for identification in silico of peptides and sets of peptides internal to or on the surface of microorganisms and cells which have a high probability of being effective in stimulating humoral and cell mediated immune responses. The method combines multiple predictive tools to provide a composite of both topology and multiple sets of binding or affinity characteristics of specific peptides within an entire proteome. With a composite having topological distribution and spatial relationship, the method identifies regions which have a high probability of being B-cell or MHC binding sites comprising T-cell epitopes on the surface of microorganisms or cells, or MHC binding sites comprising T cell epitopes internal to microorganisms or cells. Polypeptides comprising the epitopes, and vaccines, antibodies and diagnostic products are developed using the epitopes.
ARIZONA BOARD OF REGENTS on behalf of THE UNIVERSITY OF ARIZONA (USA)
Inventeur(s)
Imboden, Michael
Riggs, Michael
Schaefer, Deborah, A.
Homan, Jane
Abrégé
The present invention relates to fusion proteins comprising a microorganism targeting molecule (e.g., immunoglobulin) and a biocide. The present invention also relates to therapeutic and prophylactic methods of using a fusion protein comprising a microorganism targeting molecule and a biocide in diverse fields.
A01N 63/02 - Substances produites par, ou obtenues à partir de micro-organismes ou d'animaux
A01N 63/00 - Biocides, produits repoussant ou attirant les animaux nuisibles, ou régulateurs de croissance des végétaux, contenant des micro-organismes, des virus, des champignons microscopiques, des animaux ou des substances produites par, ou obtenues à partir de micro-organismes, de virus, de champignons microscopiques ou d'animaux, p. ex. enzymes ou produits de fermentation
A01P 1/00 - DésinfectantsComposés antimicrobiens ou leurs mélanges
brevets
