Abrégé

A computer-implemented method of determining a tumor response to a KRAS therapeutic agent is described, the method comprising: providing, at a computing device including one or more processors for data processing, RNA sequencing data associated with a tumor, the RNA sequencing data being indicative of gene expression data of a plurality of genes involved in one or more biochemical signaling pathways at least partly related to KRAS; evaluating the RNA sequencing data with a first computational model modelling at least one of dependency of the tumor on the KRAS signaling pathway, and sensitivity of the tumor to KRAS inhibitor therapy; evaluating the RNA sequencing data with one or more additional computational models modelling activation of one or more biological signaling pathways at least partly related to KRAS; and classifying, based on the evaluation of the RNA sequencing data with the first computational model and the at least one additional computational model, the tumor as being responsive or non-responsive to, and/or the patient as deriving clinical benefit from, the KRAS therapeutic agent.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16B 50/50 - Compression de données génétiques

Produits et services

Software as a medical device (SaMD) for the purposes of diagnosing, preventing, and treating cancer; downloadable electronic publications in the nature of reports in the field of drug development. Providing online non-downloadable publications in the nature of reports in the field of drug development. Pharmaceutical research and development; scientific research and development, namely, gathering, storing, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development; design, development, and implementation of software related to drug development; customizing software related to drug development; consulting services in the field of design and implementation of software for others in the field of drug development; consulting services for others in the field of design, planning, and implementation project management of scientific and pharmaceutical research; providing online non-downloadable software for accessing, viewing, analyzing, and sharing reports in the field of drug development and cancer diagnosis.

Abrégé

Systems of preprocessors are provided to harmonize disparate ‘omics datasets by addressing bias and/or batch effects. Methods are provided for harmonization of datasets, for generation of libraries of preprocessors for use in harmonization, and for training classifiers leveraging harmonization.

Classes IPC  ?

• G16B 35/10 - Conception de bibliothèques
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/30 - Entreposage de donnéesArchitectures informatiques

Produits et services

Downloadable software as a medical device (SaMD) for the purposes of diagnosing, preventing, and treating cancer; downloadable electronic publications in the nature of reports in the field of drug development. Providing online non-downloadable publications in the nature of reports in the field of drug development. Pharmaceutical research and development; scientific research and development, namely, inputting, collecting, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development; design, development, and implementation of software related to drug development; customizing software related to drug development; consulting services in the field of design and implementation of software for others in the field of drug development; consulting services for others in the field of design, planning, and implementation project management of scientific and pharmaceutical research; providing online non-downloadable software for accessing, viewing, analyzing, and sharing reports in the field of drug development and cancer diagnosis. Licensing of intellectual property.

Abrégé

Systems of preprocessors are provided to harmonize disparate 'omics datasets by addressing bias and/or batch effects. Methods are provided for harmonization of datasets, for generation of libraries of preprocessors for use in harmonization, and for training classifiers leveraging harmonization.

Classes IPC  ?

• G06F 16/25 - Systèmes d’intégration ou d’interfaçage impliquant les systèmes de gestion de bases de données
• G06K 9/62 - Méthodes ou dispositions pour la reconnaissance utilisant des moyens électroniques
• G06F 16/27 - Réplication, distribution ou synchronisation de données entre bases de données ou dans un système de bases de données distribuéesArchitectures de systèmes de bases de données distribuées à cet effet
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p. ex. des modèles relationnels ou objet
• G06F 16/907 - Recherche caractérisée par l’utilisation de métadonnées, p. ex. de métadonnées ne provenant pas du contenu ou de métadonnées générées manuellement
• G06N 5/02 - Représentation de la connaissanceReprésentation symbolique
• G06N 5/04 - Modèles d’inférence ou de raisonnement
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p. ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients

Produits et services

Pharmaceutical research and development; scientific research and development, namely, inputting, collecting, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development; customizing computer software related to inputting, collecting, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development; software as a service (SAAS) services featuring software for inputting, collecting, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development.

Produits et services

Pharmaceutical research and development; scientific research and development, namely, inputting, collecting, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development; customizing computer software related to inputting, collecting, defining, modeling, analyzing, and validating data related to gene signatures and biomarkers for the purposes of drug development

Abrégé

Embodiments of the present disclosure relate to analysis of gene and other molecular biomarker signatures, and more specifically, to evaluating the robustness and transferability of predictive signatures across genomic, proteomic, or metabolomic datasets.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 25/20 - Réaction en chaîne par polyméraseConception d’amorces ou de sondesOptimisation de la sonde
• G16B 25/30 - Conception de micromatrices

Abrégé

Embodiments of the present disclosure relate to analysis of gene and other molecular biomarker signatures, and more specifically, to evaluating the robustness and transferability of predictive signatures across genomic, proteomic, or metabolomic datasets.

Classes IPC  ?

• G16B 50/30 - Entreposage de donnéesArchitectures informatiques
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique

Produits et services

Computer software platform for importing and exporting, viewing, sorting, manipulating, annotating, analyzing, searching, visualizing, sharing, securing, and storing scientific and biological data, and for integrating and sharing scientific and biological data with third-party software applications. Software as a service (SAAS) services featuring software for importing and exporting, viewing, sorting, manipulating, annotating, analyzing, searching, visualizing, sharing, securing, and storing scientific and biological data, and for integrating and sharing scientific and biological data with third-party software applications.

Produits et services

[ Computer software platform for importing and exporting, viewing, sorting, manipulating, annotating, analyzing, searching, visualizing, sharing, securing, and storing scientific and biological data, and for integrating and sharing scientific and biological data with third-party software applications ] Software as a service (SAAS) services featuring software for importing and exporting, viewing, sorting, manipulating, annotating, analyzing, searching, visualizing, sharing, securing, and storing scientific and biological data, and for integrating and sharing scientific and biological data with third-party software applications

Abrégé

Systems of preprocessors are provided to harmonize disparate 'omics datasets by addressing bias and/or batch effects. Methods are provided for harmonization of datasets, for generation of libraries of preprocessors for use in harmonization, and for training classifiers leveraging harmonization.

Classes IPC  ?

• G06F 16/25 - Systèmes d’intégration ou d’interfaçage impliquant les systèmes de gestion de bases de données
• G06F 16/27 - Réplication, distribution ou synchronisation de données entre bases de données ou dans un système de bases de données distribuéesArchitectures de systèmes de bases de données distribuées à cet effet
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p. ex. des modèles relationnels ou objet
• G06F 16/907 - Recherche caractérisée par l’utilisation de métadonnées, p. ex. de métadonnées ne provenant pas du contenu ou de métadonnées générées manuellement
• G06N 5/02 - Représentation de la connaissanceReprésentation symbolique
• G06N 5/04 - Modèles d’inférence ou de raisonnement
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p. ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients

Abrégé

Embodiments of the present disclosure relate to analysis of gene and other molecular biomarker signatures, and more specifically, to evaluating the robustness and transferability of predictive signatures across genomic, proteomic, or metabolomic datasets.

Classes IPC  ?

• G16B 25/20 - Réaction en chaîne par polyméraseConception d’amorces ou de sondesOptimisation de la sonde
• G16B 25/30 - Conception de micromatrices
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides