The present disclosure provides technologies for predicting a phenotype of a microbial cell using machine learning models trained using high-content imaging data (HCI). Also provided are methods of engineering a microbial cell to possess a phenotype of interest. Example phenotypes include the production of a target compound or biomolecule of interest. The provided technologies are useful for the efficient biomanufacturing of target compounds.
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
G06V 20/69 - Objets microscopiques, p. ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires
G16C 20/30 - Prévision des propriétés des composés, des compositions ou des mélanges chimiques
G16C 20/70 - Apprentissage automatique, exploration de données ou chimiométrie
The present disclosure relates to synthetic biology and, in particular the bioproduction of isoprenoids using heterologous expression of 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme-A reductase (HMGR) enzyme(s).
C12N 9/04 - Oxydoréductases (1.), p. ex. luciférase agissant sur des groupes CHOH comme donneurs, p. ex. oxydase de glucose, déshydrogénase lactique (1.1)
The present disclosure provides systems, methods, and compositions for performing iterative genomic editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.
This disclosure provides compositions and methods useful for editing a target nucleic acid molecule. This disclosure provides MAD2019-H848A variant polypeptides, reverse transcriptases, and fusion proteins and methods of using MAD2019-H848A variant polypeptides, reverse transcriptases, and fusion proteins to edit nucleic acid molecules both in vivo and in vitro.
The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells, and for tracking of editing events.
The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells, and for tracking of editing events.
The present disclosure relates to various different types of mutations or modifications in Saccharomyces cerevisiae coding and noncoding regions leading to enhanced cellobiohydrolase I production for, e.g., supplements and nutraceuticals.
C12N 9/42 - Hydrolases (3.) agissant sur les composés glycosyliques (3.2) agissant sur les liaisons bêta-glucosidiques-1, 4, p. ex. cellulase
C07K 14/395 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant de champignons provenant de levures provenant de Saccharomyces
The present disclosure provides new RNA-guided nucleases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells; specifically, the present disclosure provides Type V MAD nucleases (e.g., RNA-guided nucleases or RGNs) with altered PAM preferences and/or altered activity at different temperatures or fidelity, and/or varied nuclease activities; all changes that may increase the versatility of a nucleic acid-guided nuclease for certain editing tasks.
This invention relates to modules and automated, integrated, end-to-end closed instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transfection followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.
The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.
In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12Q 1/6865 - Amplification à base de promoteurs, p. ex. amplification de séquence d’acide nucléique [NASBA], système de réplication de séquence auto-entretenue [3SR] ou d’amplification à base de transcription [TAS]
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
12.
COMPOSITIONS, METHODS, MODULES AND INSTRUMENTS FOR AUTOMATED NUCLEIC ACID-GUIDED NUCLEASE EDITING IN MAMMALIAN CELLS VIA VIRAL DELIVERY
This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transduction followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
The present disclosure relates to synthetic biology and, in particular, the expression of heterologous proteins in a microbial cell, and engineered enzymes for achieving the same.
The present disclosure provides compositions of matter, methods, systems, and instruments for improved nucleic acid-guided nuclease editing in live cells, wherein the live cells are shifted into a growth-arrested state for editing.
C12N 1/38 - Stimulation chimique de la croissance ou de l'activité par addition de composés chimiques qui ne sont pas des facteurs essentiels de croissanceStimulation de la croissance par élimination d'un composé chimique
The present disclosure relates to methods and compositions of matter to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing methods, as well as systems and instruments for performing these methods and using these compositions.
The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells.
The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion editing in live cells. Editing efficiency is improved using fusion proteins (e.g., the nickase-RT fusion) that retain certain characteristics of nucleic acid-directed nucleases (e.g., the binding specificity and ability to cleave one or more DNA strands in a targeted manner) combined with reverse transcriptase activity. Editing cassettes are employed, comprising a gRNA and a repair template where the 3′ end of the repair template is protected from degradation.
C12Q 1/6865 - Amplification à base de promoteurs, p. ex. amplification de séquence d’acide nucléique [NASBA], système de réplication de séquence auto-entretenue [3SR] ou d’amplification à base de transcription [TAS]
18.
CURING FOR RECURSIVE NUCLEIC ACID-GUIDED CELL EDITING
The present disclosure provides automated multi-module instrumentation and automated methods for performing recursive editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.
The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of “landing pad” edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.
Compositions of matter, methods, modules, and automated instruments may relate to synthesizing a library including an editing cassette including a different gRNA and donor DNA pair, amplifying the editing cassette in a partition separate from other editing cassettes in the library, adding nuclease to the partition, and adding lipofectamine to the editing cassette and nuclease to form a lipofectamine/nucleic acid/nuclease complex. A microcarrier coated in extracellular matrix or a cell adhesion molecule coating may be added to the lipofectamine/nucleic acid/nuclease complex. Cell growth material, the microcarrier, and mammalian cells may be transferred to a growth module in an automated closed cell editing instrument via a liquid handling system. The mammalian cells may be allowed to seed on the microcarrier. Conditions may be provided for the mammalian cells to take-up and be edited by a payload associated with the lipofectamine/nucleic acid/nuclease complex. The mammalian cells may be detached from the microcarrier.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
21.
METHODS FOR GENERATING BARCODED COMBINATORIAL LIBRARIES
Provided herein are methods and composition for trackable genetic variant libraries. Further provided herein are methods and compositions for recursive engineering. Further provided herein are methods and compositions for multiplex engineering. Further provided herein are methods and compositions for enriching for editing and trackable engineered sequences and cells using nucleic acid-guided nucleases.
The present disclosure provides compositions of matter, methods, modules and automated multi-module instrumentation for performing editing of live cells followed by curing of editing and engine vectors from prior rounds of editing, followed by curing of the curing vector.
The present disclosure relates to automated multi-module instruments, compositions and methods for performing nucleic acid-guided nuclease editing; specifically, the disclosure provides nucleic acid cassettes, plasmids, vectors, and compositions comprising the same that employ homologous recombination for genome engineering by having a CRISPR nuclease cause a specific DSB while tethered to a repair nucleic acid.
The present disclosure relates to methods and compositions for nuclease-mediated plasmid integration into the genome of a population of live cells, as well as automated multi-module instruments for performing these methods and using these compositions.
The present disclosure relates to methods, compositions, and automated multi-module cell processing instruments for modulation of gene utilizing nuclease-mediated systems, and in particular, inactive (“dead”) nuclease-mediated CRISPR interference (CRISPRi) and CRISPR activation (CRISPRa) systems.
The present disclosure relates to cell populations and systems for detection of compounds in an environment. Specifically the disclosure relates to methods for generating reproducible genome-wide edited populations of microbes that display novel, defined, and reproducible phenotypes when exposed to one or more chemicals. In some applications, such phenotypes are read out by barcode amplicon and compared against population fingerprints. In other applications digital information is stored in such populations of microorganisms. The digital information can be retrieved from the microorganisms with Boolean logic.
C12Q 1/689 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour la détection ou l’identification d’organismes pour les bactéries
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
The present disclosure provides compositions and methods to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing, as well as automated multi-module instruments for performing these methods.
Nucleic acid-guided nuclease editing in mammalian cells may include passaging mammalian cells, in an automated closed cell editing instrument, into smaller aggregates when the aggregates exceed 50-300 microns in size. A library of viral particles may be delivered to the mammalian cells at a multiplicity of infection such that each mammalian cell receives one or no viral particle. The library may include viral vectors with an editing cassette including a pair of gRNA coding sequence and donor DNA. Conditions may be provided to allow a viral vector of the viral vectors to integrate into the mammalian cells. Enriching for mammalian cells may be done with an integrated viral vector. A nucleic acid-guided nuclease or nuclease fusion or a coding sequence for a nucleic acid-guided nuclease or nuclease fusion may be delivered to the enriched mammalian cells and conditions may be provided to allow editing in the mammalian cells.
C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
C12N 5/00 - Cellules non différenciées humaines, animales ou végétales, p. ex. lignées cellulairesTissusLeur culture ou conservationMilieux de culture à cet effet
C12N 15/79 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells.
The present disclosure provides multiplexed engineered cells, automated multi-module instruments and methods of producing biofuel producing cells for enhanced production of biofuels. This platform empowers users to design genetic variant libraries of insertions, swaps, and/or deletions, that can be intentionally or randomly positioned across the entire genome to generate engineered cell populations with improved properties for several common biofuel applications including, but not limited to, improved tolerance to biomass inhibitors, increased thermo-tolerance, increased ethanol production and/or tolerance, expanded carbon utilization abilities, and increased utilization of heterologous proteins or pathways.
C12P 7/10 - Éthanol en tant que produit chimique et non en tant que boisson alcoolique préparé comme sous-produit, ou préparé à partir d'un substrat constitué par des déchets ou par des matières cellulosiques d'un substrat constitué par des matières cellulosiques
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
The present disclosure provides automated modules and instruments for improved detection of nuclease genome editing of live cells. The disclosure provides improved modules—including high throughput modules—for screening cells that have been subjected to editing and identifying and selecting cells that have been properly edited.
C12N 15/00 - Techniques de mutation ou génie génétiqueADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p. ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purificationUtilisation d'hôtes pour ceux-ci
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
The present disclosure is drawn to creating cassette designs for nucleic acid-guided nuclease editing. In designing editing cassettes, a set of edit specifications must first be obtained. These edit specifications are taken together with a set of configuration parameters to start a computational pipeline that generates a collection of cassette designs. The process of designing editing cassettes involves the following exemplary steps: 1) creation of a set of candidate cassette designs for each unique edit specification, 2) enumeration of features describing biophysical characteristics of each candidate design, 3) providing each candidate design with a score, and 4) returning a number of scored and rank-ordered candidate cassette designs for each edit specification.
The present disclosure provides instrumentation and automated methods for creating cell surface display libraries, where the cells of the library display engineered peptides on their cell surfaces for identification of antigens that bind to T-cell receptors. The engineered peptides may be putative antigens or binding regions of the T-cell receptors.
C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.
The present disclosure provides new RNA-guided nuclease systems and engineered nickases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.
The present disclosure provides automated multi-module instrumentation and automated methods for performing recursive editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.
The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of “landing pad” edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.
In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12Q 1/6865 - Amplification à base de promoteurs, p. ex. amplification de séquence d’acide nucléique [NASBA], système de réplication de séquence auto-entretenue [3SR] ou d’amplification à base de transcription [TAS]
C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
The present disclosure provides instrumentation and automated methods for creating cell surface display libraries, where the cells of the library display engineered peptides on their cell surfaces for identification of antigens that bind to T-cell receptors. The engineered peptides may be putative antigens or binding regions of the T-cell receptors.
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
43.
Detection of nuclease edited sequences in automated modules and instruments
The present disclosure provides automated modules and instruments for improved detection of nuclease genome editing of live cells. The disclosure provides improved modules—including high throughput modules—for screening cells that have been subjected to editing and identifying and selecting cells that have been properly edited.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
C12N 15/00 - Techniques de mutation ou génie génétiqueADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p. ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purificationUtilisation d'hôtes pour ceux-ci
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.
The present disclosure relates to methods for increasing observed editing rates in the surviving bacteria cells. The compositions and methods presented herein in combination lead to a phenomenon of “edit or die.” Although less cells survive plating and editing, a large percentage of cells that do survive are multiple editors. In one experiment it was found that if a cell survives transformation, plating, and editing, 75% of the surviving cells are multiple editors; that is, 75% of the surviving cells were simultaneously edited with edits at two or more different locations within the bacterial genome.
The present disclosure provides new RNA-guided nucleases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells; specifically, the present disclosure provides Type V MAD nucleases (e.g., RNA-guided nucleases or RGNs) with altered PAM preferences and/or altered activity at different temperatures or fidelity, and/or varied nuclease activities; all changes that may increase the versatility of a nucleic acid-guided nuclease for certain editing tasks.
The present disclosure provides compositions and methods to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing, as well as automated multi-module instruments for performing these methods. Specifically, the disclosure relates to methods, compositions, modules and automated multi-module cell processing instruments that increase the efficiency of nucleic acid-guided editing in a cell population using a nucleic acid nuclease (i.e., an RNA-guided nuclease or “RGN”)/single-strand binding protein (“SSB”) fusion system. The system leverages a single-strand binding protein (SSP) and single-strand DNA annealing protein (“SSAP”) interactions to drive enhanced recruitment.
This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transduction followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells. The present compositions and methods entail viral delivery of an editing cassette to live mammalian cells such that the editing cassettes edit the cells and the edited cells continue to grow, preferably using a fully-automated end-to-end instrument to process the cells without human intervention to enhance cell processing uniformity and to maintain the integrity of the cell culture.
C12N 5/00 - Cellules non différenciées humaines, animales ou végétales, p. ex. lignées cellulairesTissusLeur culture ou conservationMilieux de culture à cet effet
C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
The present disclosure provides new RNA-guided nuclease systems and engineered nickases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.
The present disclosure provides instruments, modules and methods for improved detection of edited cells following nucleic acid-guided nuclease genome editing. The disclosure provides improved automated instruments that perform methods—including high throughput methods—for screening cells that have been subjected to editing and identifying cells that have been properly edited.
The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.
C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
Disclosed systems and methods relate to predicting the relative representation of genomic variants in an edited cell population, based on the editing cassette design representation in an editing cassette design library used to generate the edited cell population. A library of editing cassette designs is generated, and a feature vector, or sequence embedding, is developed for each design using natural language processing techniques. The feature vector may be based upon sequence attributes and editing kinetics of each cassette design as well as attributes that describe the library context. Features may include sequence embeddings generated from a neural network, linguistic-type distances, and statistical distance summaries thereof. The feature vectors are classified using one or more machine learning models, and the classified feature vectors are used to predict the representation of each design an edited cell population.
The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of “landing pad” edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.
The present disclosure relates to methods for increasing observed editing rates in the surviving bacteria cells. The compositions and methods presented herein in combination lead to a phenomenon of “edit or die.” Although less cells survive plating and editing, a large percentage of cells that do survive are multiple editors. In one experiment it was found that if a cell survives transformation, plating, and editing, 75% of the surviving cells are multiple editors; that is, 75% of the surviving cells were simultaneously edited with edits at two or more different locations within the bacterial genome.
In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12N 15/00 - Techniques de mutation ou génie génétiqueADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p. ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purificationUtilisation d'hôtes pour ceux-ci
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
The present disclosure provides a sphere-packing lattice electroporation device configured for use as a stand-alone unit or in an automated multi-module cell processing environment and configured to decrease cell processing time and cell survival. The sphere-packing lattice utilizes lattice-forming beads that are uniform in size and that self-assemble into a crystalline-like lattice.
The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.
The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12Q 1/44 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase une estérase
The Regents of the University of Colorado, a body corporate (USA)
Inscripta Inc. (USA)
Inventeur(s)
Batey, Robert
Iwasaki Cordero, Roman S.
Garst, Andrew
Abrégé
Provided herein are single guide RNAs (sgRNAs) that comprise aptamer sequences and related compositions and methods. Also provided herein are methods of selecting inducible sgRNAs that comprise aptamer sequences.
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12Q 1/44 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase une estérase
63.
Nucleic acid-guided editing of exogenous polynucleotides in heterologous cells
The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.
C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
The present disclosure provides automated modules and instruments for improved detection of nuclease genome editing of live cells. The disclosure provides improved modules—including high throughput modules—for screening cells that have been subjected to editing and identifying and selecting cells that have been properly edited.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.
This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth, reagent bundle creation and mammalian cell transfection followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transduction followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells. The present compositions and methods entail viral delivery of an editing cassette to live mammalian cells such that the editing cassettes edit the cells and the edited cells continue to grow, preferably using a fully-automated end-to-end instrument to process the cells without human intervention to enhance cell processing uniformity and to maintain the integrity of the cell culture.
C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
C12N 15/79 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
C07H 21/02 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le ribosyle comme radical saccharide
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
This invention relates to compositions of matter, methods, modules and automated, end-to-end closed instruments for automated mammalian cell growth, reagent bundle creation and mammalian cell transfection followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells. The disclosed compositions and method entail making “reagent bundles” comprising many (hundreds of thousands to millions) clonal copies of an editing cassette and delivering or co-localizing the reagent bundles with live mammalian cells such that the editing cassettes edit the cells and the edited cells continue to grow.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
The present disclosure provides methods to increase the percentage of edited yeast cells in a cell population using nucleic-acid guided editing, and automated multi-module instruments for performing these methods.
The present disclosure relates to various different types of variants in E. coli coding and noncoding regions leading to enhanced lysine production for, e.g., supplements and nutraceuticals.
The present disclosure provides automated multi-module instrumentation and automated methods for performing recursive editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.
In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12Q 1/44 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase une estérase
78.
Cascade/dCas3 complementation assays for in vivo detection of nucleic acid-guided nuclease edited cells
The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.
The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.
C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
The present disclosure provides a flow-through electroporation device configured for use in an automated multi-module cell processing environment and configured to decrease cell processing time and the risk of clogging.
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 13/00 - Traitement de micro-organismes ou d'enzymes par énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. par magnétisme, par des ondes sonores
The present disclosure provides a sphere-packing lattice electroporation device configured for use as a stand-alone unit or in an automated multi-module cell processing environment and configured to decrease cell processing time and increase cell survival. The sphere-packing lattice utilizes lattice-forming beads that are uniform in size and that self-assemble into a crystalline-like lattice.
The present disclosure provides compositions, automated multi-module instruments and methods to increase the percentage of edited mammalian cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing.
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
84.
INCREASED NUCLEIC ACID-GUIDED CELL EDITING VIA A LEXA-RAD51 FUSION PROTEIN
The present disclosure provides compositions and methods to increase the percentage of edited yeast cells in a cell population when employing nucleic acid-guided editing, and automated multi-module instruments for performing these methods.
In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
The present disclosure provides instruments, modules and methods for improved detection of edited cells following nucleic acid-guided nuclease genome editing. The disclosure provides improved automated instruments that perform methods—including high throughput methods—for screening cells that have been subjected to editing and identifying cells that have been properly edited.
The present disclosure provides a flow-through electroporation device configured for use in an automated multi-module cell processing environment and configured to decrease cell processing time and the risk of clogging.
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12N 13/00 - Traitement de micro-organismes ou d'enzymes par énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. par magnétisme, par des ondes sonores
92.
Cascade/dCas3 complementation assays for in vivo detection of nucleic acid-guided nuclease edited cells
The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.
The present disclosure provides methods to increase the percentage of edited yeast cells in a cell population using nucleic-acid guided editing, and automated multi-module instruments for performing these methods.
The present disclosure provides instruments, modules and methods for phenotypic readout for edited cells following nucleic acid-guided nuclease genome editing. The disclosure provides improved automated instruments that perform methods—including high throughput methods—for screening cells that have been subjected to editing and identifying cells that have been properly edited and display a desired phenotype.
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
G01N 33/52 - Utilisation de composés ou de compositions pour des recherches colorimétriques, spectrophotométriques ou fluorométriques, p. ex. utilisation de bandes de papier indicateur
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
95.
Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
The present disclosure provides instruments, modules and methods for improved detection of edited cells following nucleic acid-guided nuclease genome editing. The disclosure provides improved automated instruments that perform methods—including high throughput methods—for screening cells that have been subjected to editing and identifying cells that have been properly edited.
The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.
C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
97.
Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
The present disclosure provides instruments, modules and methods for improved detection of edited cells following nucleic acid-guided nuclease genome editing. The disclosure provides improved automated instruments that perform methods—including high throughput methods—for screening cells that have been subjected to editing and identifying cells that have been properly edited.
In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.
C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
Provided are methods and compositions for preparing nucleic acid fragments for sequencing by synthesis on a flow cell. The methods and compositions described herein introduce nucleotide diversity into a sample preparation that would otherwise lack nucleotide diversity due to homogeneity of the sequencing target.
brevets
